Un virus qui vient de la chauve-souris

On vous parle beaucoup du Covid-19 (19 parce qu’apparu en 2019) mais on ne vous dit à peu près rien sur son mode de transmission et d’action. A lire la presse, on a l’impression qu’il ne se passe rien dans le monde scientifique et que les chercheurs (et les gouvernements) se contentent de compter les cas, les morts et les guéris. Or, le monde scientifique est en ébullition et on sait déjà beaucoup sur ce maudit virus : on pense même comprendre pourquoi certains en meurent et quels traitements innovateurs peuvent être testés en clinique.

Cet article a pour but de faire le point sur l’action et la transmission du virus ainsi que sur les découvertes fondamentales qui nous permettrons d’espérer un traitement rapide du virus.

Les Coronavirus sont très répandus dans le règne animal et chaque animal possède son type de coronavirus ; même chez l’homme il y a plusieurs infections différentes par des coronavirus (mais la plupart bénignes). Il arrive que les virus qui ne provoquent aucune pathologie chez les animaux passent chez l’homme, comme c’est le cas du Covid-19 lequel provient de la chauve-souris (hôte naturel) en passant, vraisemblablement, par le pangolin (très prisé en Chine pour sa viande et aussi pour ses écailles et en Afrique comme viande de brousse).

On peut se demander pourquoi de très nombreux virus nous sont transmis par les chauves-souris. Sans entrer dans les détails, signalons que la chauve-souris est, comme-nous, un mammifère très répandu dans le monde (25% des mammifères sont des chauves-souris). En outre, la chauve-souris possède un système immunitaire (c’est-à-dire un mécanisme de défense contre les infections) absolument unique et elle résiste à la plupart des virus. Enfin, pour de nombreuses raisons, l’homme est en contact régulier avec les chauves-souris. Le contact régulier avec un animal très répandu et bourré de virus explique pourquoi de nombreux virus nous viennent des chauves-souris.

Le diagnostic

Pour diagnostiquer si une personne est atteinte ou non du virus, il suffit de prélever dans son nez ou dans sa gorge un peu de mucus. Ensuite, au laboratoire, on réalise un test nommé RT-PCR. C’est un test assez technique : disons-en quelques mots pour les plus curieux de nos lecteurs. Le sigle RT signifie, en anglais, Reverse Transcriptase : c’est une technique de laboratoire qui permet de transformer un ARN en ADN.

Le sigle PCR signifie en anglais Polymerase Chain Reaction (réaction en chaine par polymérase). C’est une technique de laboratoire qui permet d’obtenir à partir de quelques fragments d’ADN plusieurs millions de "photocopies" et donc d’en permettre une analyse aisée pour autant que l’on connaisse la structure moléculaire du virus (ce qui est actuellement le cas).

Les principales voies de transmission

Le virus se transmet de plusieurs manières et c’est pour cela qu’on conseille de se laver les mains, de porter un masque et de ne pas se toucher le visage (surtout l’œil). La voie respiratoire directe étant la principale mais d’autres voies, comme le contact avec une surface ou un objet infecté, existent. Ainsi, les doigts contaminés sur une quelconque surface et ensuite portés aux yeux, à la bouche ou aux narines sont également vecteurs du virus.

On a fait des études et on a démontré que le virus pouvait vivre quelques heures sur une surface métallique (une clenche de porte, par exemple) ou sur du plastique (un téléphone par exemple). Voilà pourquoi il faut se laver les mains régulièrement (le savon est suffisant). On sait aussi que les crachats véhiculent très longtemps de grandes quantités de virus, voilà pourquoi il faut tousser dans son coude et porter un masque.

On a découvert aussi - c’est très important - que deux à trois jours avant de présenter des symptômes, l’individu atteint est déjà très contagieux. En conclusion : il faut porter un masque bien avant d’avoir des symptômes (le port de masque doit donc être rendu obligatoire par nos autorités). Enfin, la projection du virus entre humains ne serait pas de 1 mètre mais de plus de 5 mètres...

Pénétration du virus dans l’organisme

Pour se multiplier, un virus doit obligatoirement pénétrer au cœur des cellules et pour cela il doit bénéficier d’une porte d’entrée (une clé d’entrée ou un accompagnateur). Cette porte d’entrée est généralement une molécule à laquelle il s’accroche pour pénétrer (un peu comme un gardien qui prend vos papiers et vous conduit vers la personne que vous voulez-voir). Le virus du Covid-19 infecte généralement les cellules en y pénétrant par l’intermédiaire d’un récepteur du nom de ACE2 (c’est l’enzyme de conversion de l’angiotensine2 mais nous ne rentrerons pas dans les détails techniques ; signalons simplement que l’angiotensine intervient comme régulateur de la tension artérielle).

Cette enzyme est présente dans les poumons (principale voie de pénétration) mais aussi dans certaines parties du tube digestif (œsophage, iléon, côlon. Ce qui explique que la maladie peut se manifester à plusieurs niveaux (partout où le récepteur est présent).

En utilisant les récepteurs ACE2 pour pénétrer dans l’organisme, le virus empêche certaines réactions chimiques de se dérouler dans l’organisme et provoque l’accumulation de certaines protéines. Cette accumulation est à l’origine d’une libération anormale de cytokines (lesquelles sont un ensemble de protéines produites par le système immunitaire).

Ainsi, au lieu que le système immunitaire assure la défense de l’organisme, il se produit une prolifération de protéines responsables d’un véritable choc organique (choc cytokinique). Ce choc cytokinique pourrait en partie expliquer les décès liés au Covid-19. On sait que moins de 5% des personnes atteintes par le Covid-19 nécessitent des soins hospitaliers (parfois très lourds) à cause d’une insuffisance respiratoire ou de troubles cardiaques.

Ces manifestations graves (hypertension artérielle, troubles du rythme cardiaque, détresse respiratoire) se produisent avec une très grande vitesse et sont pour la plupart en rapport avec ce choc cytokinique. Elles conduisent généralement à une défaillance multi-organes et au décès. On pense donc connaître une des causes des décès rapides dus au Covid-19 et aussi pourquoi ce choc est extrêmement rare chez les enfants.

Le choc cytokinique

Le choc cytokinique, également appelé "orage cytokinique" ou "syndrome de libération des cytokines", est un phénomène inflammatoire massif qui a été décrit dans diverses pathologies infectieuses, dont certaines coronaviroses respiratoires humaines. Dans ce choc la production de cytokine est autoentretenue.

Dès le début de la pandémie de COVID-19, les médecins chinois ont suspecté un rôle du choc cytokinique dans l’expression des formes les plus graves de la maladie.

Les symptômes

Le virus infecte d’abord les narines et la bouche et la plupart des malades présentent des symptômes légers à savoir toux sèche, fièvre, fatigue, irritation de la gorge.
Cependant, environ un sur six développe une maladie grave et a des difficultés à respirer. Cela se produit lorsque le virus traverse le canal bronchique et atteint les poumons, provoquant une pneumonie.

La pneumonie est une inflammation des alvéoles pulmonaires qui dans les formes sévères se remplissent de liquide et de cellules mortes entravant ainsi la fonction des alvéoles qui est de fournir de l’oxygène au sang tout en le débarrassant du dioxyde de carbone, d’où l’indication de l’assistance respiratoire. Le virus peut également attaquer le cœur (péricardite, crise cardiaque, tachycardie compensatoire), les reins (insuffisance rénale), le foie (manque d’oxygène et la toxicité des médicaments utilisés pour le traitement) et le rectum (diarrhée) [1]

Enfant et Covid-19

On a découvert (avec stupéfaction) que contrairement à ce qu’on pensait, le mode d’action et même de transmission du virus Covid-19 semble très différent de celui de la grippe.

On a découvert par exemple que les enfants étaient très peu sensibles au virus du Covid-19 et, chose plus étonnante encore, que les enfants ne transmettraient pas ou transmettraient plus difficilement le virus (alors qu’habituellement ce sont les enfants qui sont les principaux propagateurs de virus) [2].

Parmi les explications à ses particularités une hypothèse sur la charge virale du virus Covid-19 chez l’enfant est évoquée. En effet, on pense que cela est dû à une charge virale faible chez l’enfant. Une étude de chercheur Français sur le Cluster des Contamines-Montjoie (Haute Savoie) publiée le 11 Avril aux presses universitaire d’Oxford expose les faits.

En effet dans cette étude on pense que cette faible transmission serait due à une charge virale faible chez l’enfant ou à une immaturité du système immunitaire ou de l’épithélium pulmonaire de l’enfant [2].

Faute d’en savoir plus au sujet de la grippe, peut-être des erreurs ont-elles été commises dans la réponse au Covid-19 (fermetures des écoles du premier cycle par exemple concernant les enfants de moins de 14ans) ; les études nous en dirons plus.
Perspective thérapeutique (en dehors de l’hydroxychloroquine et d’azithromycine)

Notre panoplie de médicaments contre les virus est encore très faible et contre le Covid-19 on ne possède aucun médicament dont l’efficacité a été prouvée. Rappelons que 85% des cas sont asymptomatiques et donc un médicament qui provoquerait 85% de "guérisons" (magnifique chiffre) ne prouverait absolument pas son efficacité.
Dans leur quête sans relâche d’un traitement contre le Covid-19, les scientifiques explorent de nombreuses pistes parfois inédites. Certaines pourraient déboucher sur des composés efficaces contre tous les coronavirus y compris ceux qui émergeraient à l’avenir.

Pourquoi ne pas oser d’autres traitements alternatifs à partir du moment où rien de scientifique ne prouve que la guérison des malades soit liée aux traitements qu’ils reçoivent (par exemple l’association hydroxycloroquine + azithromycine). C’est ce dont on discutera plus loin.

Un mot concernant la chloroquine

A propos de ce traitement prescrit par le Dr Didier Raoult, mais contesté par de nombreux autres médecins, il convient de faire le point. La chloroquine est certes utilisée depuis des dizaines d’années pour le traitement du paludisme (jadis avec succès) et on connait ses effets secondaires peu nombreux à la dose utilisée contre le paludisme.

Mais, ce qu’il convient de savoir, c’est que le dosage prescrit pour lutter contre le Covid-19 est cinq fois plus important que celui jadis utilisé contre le paludisme. Et, tous les pharmaciens peuvent vous le dire, l’écart entre l’innocuité et la toxicité est très faible pour ce médicament. Ce qui signifie que si on augmente la dose, même faiblement, des effets secondaires se manifestent et peuvent parfois conduire à la mort (insistons : ici on multiplie le dosage par cinq).

L’hydroxycloroquine est responsable de troubles cardiaques comme, par exemple, une altération de la transmission de l’influx nerveux dans le cœur (bien visible à l’électrocardiogramme) ou à un trouble cardiaque grave connu sous le nom de torsade de pointe (pouvant conduire à la fibrillation cardiaque et à la mort). A lui seul, ce médicament peut provoquer des décès et, ce qui est très contrariant, l’antibiotique (azithromycine) qui lui est associé est responsable des mêmes troubles.

Donc l’association des deux est très dangereuse et on comprend donc aisément pourquoi le traitement n’est autorisé que dans les hôpitaux. En outre, ce traitement n’est nécessaire que dans les cas très graves (il pourrait réduire le choc cytokinique) et doit donc être réservé à une minorité de patients. Si l’on sait que 85% des patients ne présentent aucun symptômes mais que ce traitement pourrait provoquer de nombreux décès on comprend bien que sans contrôle strict, le traitement du Dr Raoult serait bien plus dangereux que la maladie elle-même.

Je pense que maintenant c’est clair pour le lecteur : la chloroquine est réservée au traitement en milieu médical sous haute surveillance et son efficacité doit être encore prouvée (ce qui est en cours dans de nombreux hôpitaux en Europe, en Asie et aux USA).

Les traitements innovateurs

Ils sont nombreux mais souvent l’expérimentation ne porte que sur un petit nombre de patients et sont entachés de nombreux biais (un biais est une démarche, un protocole ou un procédé qui engendre des erreurs dans les résultats ; bien souvent le biais n’est pas apparent et il faut donc effectuer une analyse très fine de la démarche pour le dépister). Nous en proposons quatre qui méritent d’être connus.

L’utilisation des anticorps monoclonaux (Tocilizumab et Sarilumab) pour palier au choc cytokinique pourrait réduire le taux de mortalité. Les anticorps monoclonaux sont des anticorps produits par une seule lignée cellulaire. Depuis quelques années ils sont utilisés comme médicaments pour combattre certaines maladies.
En effet une étude chinoise en Mars 2020 aurait démontré l’efficacité du Tocilizumab sur les signes du Covid-19 [3]

En effet en mars 2020, les résultats d’une étude observationnelle de petite taille ont été publiés en ligne. Cette étude a suivi 21 patients atteints de formes sévères ou critiques de COVID-19 (âge moyen : 56,8 ans (25-88), 86 % d’hommes, 81 % de formes sévères (pO2 < 93 %, rythme respiratoire > 30/minute, 19 % de formes critiques). Ces malades ont reçu, outre le "traitement standard" local (lopinavir, méthylprednisolone, oxygénothérapie, traitements symptomatiques), une perfusion intraveineuse de 400 mg de Tocilizumab.

Chez 18 patients, l’administration de Tocilizumab a entraîné une disparition de la fièvre dans les 24 heures. Trois malades, dont la fièvre résistait, ont reçu une seconde administration 12 h plus tard, avec disparation de l’hyperthermie. Dans les jours suivant le traitement, les besoins en oxygène se sont réduits chez 75 % des patients et l’un d’entre eux n’a plus eu besoin d’oxygénothérapie.

Au 5e jour après traitement, le taux sanguin de lymphocytes était redevenu normal chez 53 % des patients. Le taux sanguin de protéine C-réactive était normalisé dans 84 % des cas. Les lésions pulmonaires avaient disparu chez 19 patients (91 %). Au moment de la publication de l’étude, 19 patients avaient quitté l’hôpital, en moyenne 13,5 jours après le traitement par Tocilizumab.

L’immunité collective

Selon l’encyclopédie Wikipédia, l’immunité grégaire (ou immunité de communauté ou immunité collective ou encore immunité de groupe) est le phénomène par lequel la propagation d’une maladie contagieuse peut être enrayée dans une population si un certain pourcentage des individus est immunisé, par exemple par vaccination ou parce qu’après avoir été contaminés ils n’ont pas développé la maladie ou en sont guéris.

C’est un principe selon lequel plus les personnes sont infectées par une maladie, plus elles développent des anticorps contre ce virus, et moins l’épidémie se propagera dans la population. « Pour le Covid-19, on estime que le taux de reproduction [contagiosité] tourne autour de 2,5, explique Jean-Stéphane Dhersin, mathématicien spécialiste de la modélisation des épidémies. Ce qui veut dire que les 1.000 premières personnes infectées vont transmettre à 2.500 personnes. Si on ne fait rien, cette courbe augmente de façon exponentielle.

Une fois que la moitié de la population est immunisée, un malade va contaminer en moyenne 1,24 personne. Et si 60 % de la population a été en contact avec le virus, vous ne le transmettez qu’à une seule personne. Quand vous arrivez à un taux de reproduction de 1, l’épidémie ne se propage plus. » [4]

Plusieurs Etats se sont basés sur cette immunité de groupe pour restreindre (ou même abolir) le confinement. Il y a eu des échecs mais semble-t-il aussi des succès. Le véritable problème de la mise en route d’une immunité grégaire c’est que de trop nombreuses personnes tombent malades en même temps... et les hôpitaux ne peuvent pas suivre.

La thérapie Utilisant les ARAII (antagoniste des récepteurs de l’angiotensine2)

Le niveau d’expression de ACE2 (pour rappel : c’est l’enzyme qui permet au Covid-19 de pénétrer dans l’organisme) semble jouer un rôle dans l’infection à Covid-19, mais ce rôle reste controversé à partir du moment où l’ACE2 est délétère en début d’infection et bénéfique à la phase d’état, c’est-à-dire au stade des lésions pulmonaires

En effet, au début de l’infection à Covid-19, le virus étant couplé à l’ACE2, il va de soi qu’une expression importante de ce récepteur (ACE2) favorisera ainsi la pénétration du Covid-19. Certains patients tels que les hypertendus présenteraient une expression importante de ACE2 ce qui fait pensez que l’infection à Covid-19 chez ces patients serait gave. Cependant cette théorie de gravité de l’infection chez les hypertendus est à prendre avec réserve en absence d’étude plus approfondie.

Pendant la phase sévère, une expression importante de l’ACE2 est plutôt bénéfiques pour le malade car permet de transformer l’angiotensine2 (ayant des propriétés inflammatoires, fibrosantes et vasoconstrictives) en angiotensine [1-7] et en angiotensine3 qui grâce à leur récepteurs respectifs (Mas et AT2) produisent des effets antiinflammatoires, antifibrosants et vasodilatateurs.

L’ACE2 régule négativement le système rénine-angiotensine. Il a été décrit comme interagissant avec le récepteur à l’angiotensine de type 1 (AT1R, cible des antagonistes du récepteurs à l’angiotensine II [ARAII]) [5]. Les ARAII seraient à l’origine d’une augmentation de l’expression de ACE2 d’après une étude publiée dans Nature Reviews Cardiology [6]

Un médicament ARAII dont je tairais le nom, est actuellement à l’étude afin de prouver son efficacité sur le Covid-19.

Traitement anticoagulant systématique chez tout malade covid-19
Le Covid-19 possède un tropisme vasculaire, il attaque les cellules endothéliales de la paroi vasculaire. Il se fixe aux cellules grâce à sa protéine Spike (déterminant immunologique majeur du virus).

Des résultats d’autopsies faites par les Italiens ont récemment démontré le mécanisme d’action de ce virus. Les lésions cellulaires provoquées par le virus ressemblent à une vascularite (inflammation des vaisseaux sanguins) diffuse touchant essentiellement la paroi vasculaire des poumons.

Il ne s’agit donc pas d’un SDRA (syndrome de détresse respiratoire aigüe) classique observé lors des pneumopathies classiques, ce qui explique le taux de mortalité élevé en réanimation, il est donc conseillé de changer d’attitude thérapeutique.

Le virus provoque un état proche de la thrombose (vaisseau bouché) et des lésions de la paroi des artères, surtout au niveau pulmonaire. [7] D’après les médecins urgentistes ; 30 % des malades en réanimation font une embolie pulmonaire (c’est-à-dire l’obstruction d’une ou plusieurs artères irrigant les poumons).

L’atteinte des vaisseaux ne se limite d’ailleurs pas aux vaisseaux pulmonaires ; on a constaté également une atteinte des vaisseaux périphériques des mains et des pieds avec comme symptômes des lésions qui ressemblent à celles des engelures (phénomène cutané provoqué par une mauvaise circulation au niveau des extrémités).

On doit donc considérer l’atteinte par le Covid-19 comme une maladie inflammatoire sévère. Compte tenu de ces données, un traitement anticoagulant systématique à titre préventif, voire même à dose curative, doit être envisagé chez les patients Covid-19.
La thérapie prometteuse de l’utilisation de l’hémoglobine du ver de sable
L’Arenicola marina, un nom peu commun est un ver de sable dont l’hémoglobine (molécule qui transporte l’oxygène dans le corps) pourrait sauver des vies.

Souvenez-vous de vos vacances sur la plage, vous l’avez probablement rencontré sans vous en rendre compte. Ce petit ver de sable ressemble à des déjections sablonneuses.
La molécule qui transporte l’oxygène chez ces petits vers des plages est si efficace qu’elle pourrait être injectée aux malades de Covid-19 afin de leur éviter de succomber aux insuffisances respiratoires et donc d’éviter la mort. Puisque l’hémoglobine sert à transporter l’oxygène des poumons, et que les malades de Covid-19 meurent d’insuffisance respiratoire par manque d’oxygène, la capacité oxygénante de l’hémoglobine d’arénicole pourrait leur sauver la vie.

En effet son hémoglobine est jugée 40 fois plus efficace que celle humaine, elle est 250 fois plus petite que nos globules rouges (ce qui lui permet de s’infiltrer au plus profond des alvéoles pulmonaires) et est antioxydante, ce qui lui permet de diminuer l’inflammation des cellules pulmonaires.

Cette étude sur l’hémoglobine du ver de sable pourrait apporter une solution à l’intubation des malades en service de réanimation car ce « premier transporteur d’oxygène à visée thérapeutique » pourrait être considéré comme un « respirateur moléculaire »

Résumé

Le Covid-19, comme tous les virus, a besoin pour se multiplier de pénétrer dans l’intimité des cellules. Pour se faire, il utilise une enzyme essentiellement présente dans le système respiratoire (appelée ACE). La plupart du temps, le virus ne se manifeste que par des symptômes légers comme ceux d’une grippe avec cependant une perte de goût (agueusie) et parfois des odeurs (anosmie).

Cette agueusie-anosmie temporaire serait en rapport probable avec l’atteinte provisoire d’un nerf crânien (le glosso-pharyngien) et donc le virus pourrait aussi agir sur le cerveau (en provoquant, par exemple, de la confusion). Dans un petit pourcentage de cas, il y a également une inflammation des vaisseaux, laquelle est responsable des problèmes pulmonaires (thrombose et embolie) et des problèmes cutanés (engelures). Dans un faible pourcentage de cas le Covid-19 se manifeste par un choc du système immunitaire (choc cytokinique).

Des manifestations digestives sont également possibles. On ne dispose pas encore de traitement ni préventif (vaccin), ni curatif contre le virus mais on sait de mieux en mieux traiter les manifestations graves du Covid-19. Des expérimentations de médicaments sont en cours à l’échelle européenne (Discovery portant sur plus de 3000 cas) et mondiale et un vaccin sera, vraisemblablement, disponible dans le courant de l’année 2021. Il existe vraisemblablement une composante génétique dans la sensibilité au virus.

A l’heure actuelle, le virus se manifeste principalement chez l’homme âgé dont le groupe sanguin est A. Beaucoup d’informations sont encore parcellaires et parfois contradictoires.... On devra attendre quelques mois après la fin de la pandémie pour unifier tous les domaines et dresser un tableau complet du covid-19.

Les mesures préventives sont à privilégier en dehors de toute thérapie curative efficace à ce jour. Ces mesures doivent être obligatoires pour l’ensemble de la population car, cela a été démontré que le virus peut déjà se propager avant même que n’apparaissent des signes cliniques. L’université anglaise de Cambridge a publié très récemment les 275 mesures pour se protéger du Covid-19 après le confinement [8]. Les plus importantes sont :

Les mesures de distanciation, L’obligation de tousser dans le coude, l’évitement de tout attroupement, le port de masque obligatoire pour tous, le lavage obligatoire des mains, le civisme collectif est sollicité ici (autoconfiniment en cas de contact avec un sujet positif ou devant des symptômes du Covid-19), le dépistage massif de toute la population permettra de confiner très tôt les porteurs asymptomatiques, l’autoconfinement volontaire de toutes les personnes présentant des maladies (diabète, hypertension artérielle, bronchopneumopathie, personnes de 3e âge)

Docteur Kalilou Daganon, Ouagadougou

https://elpais.com/sociedad/2020/04/08/actualidad/1586348055_291666.html
https://www.liberation.fr/france/2020/04/19/les-enfants-etonnamment-peu-vecteurs-de-la-maladie_1785759

L’étude chinoise qui a évalué les effets du tocilizumab dans la COVID-19
Xu XL, Han MF, et al. Effective Treatment of Severe COVID-19 Patients with Tocilizumab. Publication en ligne, mars 2020.
https://www.20minutes.fr/sante/2746947-20200324-coronavirus-immunite-collective-pourquoi-pari-tres-risque
https://www.elsevier.com/fr-fr/connect/medecine/ace2,-iecaraii-et-infections-a-covid-19
6. Zheng, Y., Ma, Zhang, J. et al. Covid-19 et le système cardiovasculaire.Nat Rev Cardiol 17, 259-260(2020) https: //doi.org/10.1038/s41569-020-0360-5
https://www.leaders.com.tn/article/29673-le-covid-19-est-une-maladie-thromboembolique
8. https://www.cam.ac.uk/research/news/study-identifies-275-ways-to-reduce-spread-of-coronavirus-following-lockdown). La liste des options est sur : https://covid-19.biorisc.com/