Covid-19 au Burkina : Des enseignants proposent un modèle numérique de prédiction

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Un modèle numérique pour prévoir la propagation du COVID-19 au Burkina Faso. C’est le fruit du travail proposé par trois chercheurs burkinabè. A travers le modèle épidémiologique SIR conjointement avec une technique d’inférence Bayésienne , les chercheurs utilisent les données réelles pour prédire l’évolution de l’épidémie au Burkina Faso. Les résultats ont montré que le modèle prédit bien les données réelles sur 18 jours et que le pic de l’épidémie peut être atteint aux 64e jours avec en moyenne 7 millions d’infectées, si les mesures de distance sociales ne sont respectées.

Vos réactions (13)

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• par bon travail, 29 mars 2020 23:08

  Bon travail. On a au moins un modele Mathematique de prediction. On voit que si rien n’est fait comme mesure de confinement a peu pret le 1/3 de la population sera contaminee au jour 64 !. C’est une sonnette d’alarme. Petite sugestion . Les chaines de Markov sont un peu depassees . Regardez du cote du Deep Learning . Les algorithmes de l’intelligence artificielle utilisent le Deep learning en remplacement des chaines de Markov et les resultats sont etoupouflants Felicitations encore . Abdou Sawadogo Montreal

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• par Well, 30 mars 2020 01:03

  Correlation vs Causation In statistics, there is a famous phrase : “correlation does not imply causation”. It refers to the inability to legitimately deduce a cause-and-effect relationship between two variables solely on the basis of an observed association or correlation between them. This coronavirus is very impredictible.

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• par Sidpawalemdé Sebgo, 30 mars 2020 03:28

  Excellent travail. Cela montre encore si besoins était que nous avons de très bons techniciens aux têtes bien pleines. Deux observations cependant : 1°) Celui qui a trouvé le titre n’a visiblement pas lu l’article. Cette étude se contente de donner une prédiction en fonction des données actuelles, à savoir que le pic sera atteint le soixante-quatrième jour avec plus de sept millions de Burkinabè porteurs du virus. A noter que cela correspond au Lundi 11 Mai 2020. Non seulement les auteurs ne donnent AUCUNE PISTE pour éviter cela, mais il y a une différence entre 7 millions d’infectés et 7 millions de "victimes" ou morts. Rappelons que l’infection au Covid-19 est bénigne pour 85 à 90% des contaminés, que 10 à15% développent une forme grave, et que la mortalité liée à cette épidémie est autour de 5% avec quelques variations par pays. Cette mortalité est par ailleurs corrélée avec un âge avancé et l’existence d’une autre maladie. En résumé donc, ils n’ont PAS PRÉDIT des millions de morts. 2°) Tout en félicitant les auteurs et sans remettre en cause la qualité et le caractère scientifique de leur travail, je reste convaincu que ces prédictions ne se réaliseront pas. Car les déterminants sont sociologiques et non mathématiques. Trois facteurs, que ne prennent en compte ni les infectiologues ni les épidémiologistes (sauf ex-post) seront à mon avis importants : a) La résilience acquise de l’Afrique sub-saharienne, où les populations sont soumises depuis toujours à un roulement d’infections et d’épidémies de toutes sortes, conférant une certaine "résistance" aux organismes. b) La pyramide des âges, complètement inversé en Afrique par rapport aux pays asiatiques et européens. Le nombre important de personnes âgées et porteuses de plusieurs pathologies gérontologiques a certainement joué un rôle dans le grand nombre de victimes dans ces pays. C) Paradoxalement, le piètre état de nos systèmes de santé permettra de ne pas avoir ce scénario catastrophe. Nous serons tout simplement dans l’incapacité de diagnostiquer 7 millions de porteurs, ni de dénombrer le nombre exact de morts liés à Covid-19 spécifiquement. Comme de façon habituelle nous enregistrons une mortalité forte et précoce par rapport aux pays développés, il n’est même pas sûr qu’en dehors des décès à l’hôpital (lesquels seront rapidement saturés) nous noterons une différence avec les autres années. Notons d’ailleurs que dans les pays les plus développés du monde, les autorités reconnaissent que les nombres annoncés sont ceux des décès à l’hôpital, et que ceux survenus à domicile ou dans les maisons de retraite ne sont pas pris en compte, le test post-mortem n’étant pas recommandé. En définitive donc, il n’est pas exclu que nous ayons déjà des milliers de d’infectés, et il se peut que nous finissions avec plus de dix millions de porteurs réels. Mais les chiffres "officiels" ne montrerons pas cela, ni d’ailleurs ceux de la mortalité. Arrêtons donc de se faire peur et consolons nous en nous disant que nous auront acquis la fameuse "immunité de masse" d’ici Avril, Mai, Juin ou Juillet... Les seules VRAIES questions sont celles-ci : * Combien de morts auront nous ? * Les mesures que nous allons prendre vont-elles raccourcir la durée de l’épidémie ou au contraire l’allonger ? * Comment la société et l’économie vont-elles supporter ce choc ? Cordialement

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  • par Guigui, 30 mars 2020 09:00

    Sidpawalemdé Sebgo, je te tire mon chapeau car tu viens de faire une très belle analyse sur leur étude mais cela n’empêche que nous les félicitons. Tes points a) et b) sont très pertinents.

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  • par Poète, 30 mars 2020 09:14

    Mr Sidpa.. J’adore Votre Analyse Comblée De Sagesse.Je Tiens A Féliciter Tout Visiteur Du ’LeFasonet’ du Fait Qu’on Y Trouve Moins De "parle_mal" Par Rapport A D’autres Sites D’info Don Les Gens S’exprime Avec Du "Je M’enfoutisme"

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  • par William, 30 mars 2020 10:14

    Mr Sebgo, Je suis d’avis avec vous sur plusieurs points. Par ailleurs, il y a lieu de féliciter les auteurs de ces calculs. Certes, il y a plusieurs paramètres que le modèle de calcul utilisé ne peuvent pas prendre en compte mais ça donne juste une indication aux décideurs de se préparer en ayant en tête que dans les pires des cas nous pouvons atteindre 7 millions d’infectés. Pour éviter la psychose à la population et aux oiseaux de mauvaise augure qui peuvent utiliser ces données sur les réseaux sociaux, il est plutôt, à mon avis, plus judicieux, d’envoyer ces données à nos décideurs que de les publier dans les journaux au grand public. Merci

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  • par broo, 30 mars 2020 13:07

    Mr Sidpawalemdé Sebgo, belle analyse, félicitation à l’équipe pour sa contribution et la qualité du travail, pour completer votre analyse : les determinants sont effet sociologiques, et socio-demogrpahiques, environnementaux (climat notamment la température, meme si la litterature n’a pas prouvée le lien avec la chaleur, les infections respiratoires dans notre contexte explosent en saison froide avec l’harmattan, ce que vous designer par resisistance resilience en fait du fait effectivement des infections respiratoires contractées à repetition pour quelqu’un qui est né et qui vit sous nos tropiques, celui ci finit par acquerir un immunité immunité de prémunition : Malheureusement celle-ci n’empêche pas d’être de nouveau contaminé et ne permet pas de se débarrasser totalement du virus. Par contre elle empêche la survenue de formes cliniques graves. il faut que le pays analyse et adpate sa strategies de riposte aux contexte et non faire du copier-appliquer ce qui se fait à ailleurs, par exemple au regard de la proportion qui ne fait pas de forme grave, il faut travailler à renforcer l’immunité qui passe par une bonne alimentation les fruits notamment et ne pas negliger certaines mesures individuelles et collectives.... IL FAUT CONTEXTUALISER LES MESURES CERTAINES MESURES (SI LA POPULATION EST SOUS ALIMENTEES) PEUVENT ETRE PREJUDICIABLES....

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  • par David, 30 mars 2020 14:52

    Merci pour votre analyse assez claire et qui dit des choses à mon avis assez exactes. Néanmoins je ne suis pas tout à fait sûr de la pertinence de votre argument b) pour infirmer cette étude. Vous dites que la pyramide des âges en Afrique est inversée, ce qui est tout à fait vrai mais du moment où les données qu’ils ont utilisées pour mener l’inférence sont des données collectées dans le contexte Burkinabé, cette réalité est prise en compte dans le calcul du taux de transmission. J’aurais pu être d’accord avec vous sur ce point si les données utilisées étaient issues d’un contexte Européen par exemple. Quand aux autres points je suis d’accord avec vous. Merci également à ceux qui ont réalisé cette étude même si comme ils l’ont eux même dit, l’étude ne prend pas en compte certains paramètres parmi lesquels selon moi le plus important concerne les mesures de distanciation sociale. Cordialement (vraiment), David

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• par tionobi, 30 mars 2020 08:26

  Félicitation à l’équipe ayant pris au moins la peine de s’interroger sur la question par des preuves scientifiques dont eux-mêmes ont reconnu les limites.Toutefois, je retiens que c’est aussi une deuxième d’alarme comme l’a déjà affirmé le SG des Nations Unies.Je crois que de ces études dont nous avons besoin pour l’éclairage de nos lanternes.Où sont nos grands pharmacologues , Toxicologues par rapport à la question sur la chloroquine ??? Qu’ils nous parlent au moins de la toxicité liée à la chloroquine !!!!!

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  • par Sidpawalemdé Sebgo, 30 mars 2020 10:38

    @tionobi : Très bonne question ! On nous a donné à croquer cette molécule pendant des décennies, y compris en auto-médication (on pouvait l’acheter sans ordonnance). Il est tombé dans la zone "hors brevet" et est fabriqué en générique un peu partout (y compris au Burkina) sans problème. Mais voilà que quand on le propose comme traitement du Covid-19, tout à coup les "experts" se rappellent de sa toxicité et de ses contre-indications, lesquels existent depuis toujours ! Comment cela se fait-il ? Personnellement, je crois que des intérêts mercantiles sont à la manœuvre. Les grands industriels de la pharmacie voient dans la pandémie du Covid-19 une belle occasion pour vendre des test par millions, des traitements par milliers et des vaccins par milliards. Pour cela, ils ont besoin d’une chose : Le temps ! Celui pour que leurs laboratoires trouvent et mettent au point. Voila pourquoi on nous sort des polémiques inutiles pour en gagner. Mais voilà, pas de chance. Des scientifiques avec un peu de principes et de morale ont sorti l’affaire. Et pour compliquer tout, leurs laboratoires n’ont toujours rien à proposer avant au moins un mois, ni test rapide, ni traitement, ni vaccin ! Pour comparaison avec l’autre alternative (la mort du patient !), voilà ce qui figure sur les notices de la chloroquine : Effets secondaires de la chloroquine : Elle provoque fréquemment une vision floue et mauvaise adaptation de l’œil pour voir de loin ou de près. Il cause aussi de manière très fréquente des nausées et douleurs du ventre, et fréquemment des diarrhées, vomissements et perte d’appétit. Fréquemment, l’hydroxychloroquine cause des maux de têtes. Elle peut également provoquer des démangeaisons et des éruptions de boutons et peu souvent des décolorations des cheveux et une chute des cheveux disparaissant généralement après l’arrêt du traitement. Peu fréquemment, il peut aussi affecter la rétine et la cornée. Les autres symptômes peu fréquents sont la nervosité, le bourdonnement d’oreilles, les vertiges, l’augmentation des enzymes du foie (transaminases) et les troubles de la sensibilité et de la motricité. Chacun pourra apprécier si c’est mieux de laisser mourir un malade déjà âgé pour lui évier d’avoir des troubles de la vision et de la sensibilité...

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• par @barka, 30 mars 2020 11:49

  Merci pour ce travail scientifique qui nous donne des indications importantes sur l’évolution possible de la maladie. Je tiens néanmoins a précisé que les outils mathématiques permettent dans une certaine mesure de prendre en compte les points énumérés par Sieur Sebgo que je remercie au passage. Notons que le problème dans nos contrés est que l’état n’a jamais cru à l’intérêt du travail scientifique et pour preuve on parle aujourd’hui de l’implication de l’IRSS mais savez-vous qu’aucun chercheur de l’IRSS ne dispose de fond pour faire la recherche et c’est aussi vrai pour le CNRST dans son ensemble. Nous savons tous que le pays a des difficultés financières mais nous devons savoir que cela ne changera pas par un coup de bâton magique donc il nous faut redoubler d’effort et accompagner les scientifiques de tout bord pour qu’ils développent des outils adaptés à nos conditions et je vous assure que le Burkina dispose des compétences pour. Il a lieu ici que l’état est un regard sur le fonctionnement du FONRID . Bravo à mr Zio et a ces co-auteurs, vivement le prochain papier ou je vous suggère de renforcer votre équipe (ou collaboration) avec des sociologues, des épidémiologistes, des virologues, des environnementalistes, météorologues etc. Inciter vos autres collègues mathématiciens a développer ou utiliser d’autre modèle pour à la fois faire une étude comparative et aussi pour finir associer les modèles qui représentent mieux les réalités pour faire des prédictions d’ensembles plus fines. Il ya peril certe en la demeure mais prenez le temps de faire du bon travail car le Burkina existera après le COVID-19 et pour ma part il nous faut surtout travailler à être prêt pour la prochaine pandemie (ou catastrophe naturelle ou crise interetchnique invasion de criquet ou penurie d’eau etc.) et ma recommandation s’adresse à tous les chercheurs du BURKINA.

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• par KY Thierry, 30 mars 2020 15:05

  L’idée d’une analyse ne peut qu’être accueilli avec intérêt, et je félicite cette initiative. Cependant, cette analyse souffre d’une étude contextuelle préalable : 1- Nous sommes à la 7eme épidémie de corona virus dont l’impact de l’avant dernière (SARS-Cov) a été considérable en Europe, mais n’a jamais été évalué au Burkina Faso, voir en Afrique. La raison de ce manque d’analyse est avant tout que cette avant dernière maladie (ainsi que les précédentes d’ailleurs) était une grippe saisonnière sévère. Avons-nous déjà des éléments qui montrent que le SARS-cov2, c’est-à dire le COVID19 ne serait pas une grippe saisonnière ? 2- Si le paramètre saisonnier n’est pas écarté, avec le radoucissement progressif constaté, cette grippe ne s’en irait-elle pas comme les précédentes avec le radoucissement ? 3- Les cas de décès, à défaut de connaitre l’identité des personnes, semblent indiqués que certains pourraient être des haut-cadres qui bénéficiaient d’évacuation sanitaires et se soignaient à l’extérieur du pays. Bref, l’on a une ignorance totale de leur condition de santé préalable pour confirmer à coup sûr que seul le Corona virus est responsable de leur mort. l’échantillon est-il donc assez représentatif pour faire des projections sur un pays dont la majorité se soigne sur place ? Je pense que ce contexte aurait dû être dégrossi avant de faire votre étude. De toute façon, avenir nous dira.

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• par wsm77, 1er avril 2020 10:05

  Bravo aux auteurs pour cette belle étude qui nous montre ce qui aurait pu arriver si aucune mesure n’avait été prise ici au Burkina Faso, pour limiter la propagation du virus. Fort heureusement, je pense que nous n’irons pas vers ce scénario catastrophe. Je suis impatient de voir ce que les prochains modèles des auteurs vont donner. Eventuellement, ils pourraient regarder du côté "Machine learning" ou "Deep learning", comme l’a suggéré l’internaute du Canada (Abou Sawadogo). Toutefois, je me demande si les taux (bêta et lambda) ne devraient pas en eux-mêmes être considérés comme étant fonction du temps ? Car étant au début de l’épidémie ici au Burkina Faso, il est peut-être hâtif de dresser des "taux moyens" (quoique basés sur une analyse statistique solide). En se basant sur des nombres plus grands (donc malheureusement plus de cas d’infection), on pourrait à mon sens tomber sur des taux "plus stables". Dans tous les cas, toutes mes félicitations ! Et merci aussi à Sidpawalemdé Sebgo pour avoir souligné la nécessité de prendre en compte les déterminants sociaux. Maintenant, avons nous assez de recul pour suivre assez de variables dans ce domaine particulier, afin d’alimenter assez vite un modèle (le décideur attend !) ?

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