Outillés les chercheurs et les étudiants à l’analyse bio-informatique des données issues du séquençage de la technologie Oxford Nanopore, tel est le but de la session de cette formation organisée sous forme d’une série d’activités. Ce, avec la collaboration de l’Institut de l’environnement et de recherches agricoles (INERA) du Burkina Faso, de l’Institut de recherches pour le développement (IRD dans le cadre de l’observatoire des phytopathogènes en Afrique de l’Ouest, LMI Patho Bios. Mais aussi avec le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad) et la contribution des ingénieurs de recherche Denis Filloux et Emmanuel Fernandez pour les formations pratiques.

Pour ce faire, en plus de la conférence internationale qui se déroule actuellement sur le séquençage haut débit par la technologie Oxford Nanopore en visioconférence, il est prévu deux semaines d’apprentissage théorique et pratique sur le séquençage au laboratoire de l’INERA Kamboinsé et à l’UJKZ.

Les participants à la grande conférence sur le séquençage haut débit par la technologie Oxford Nanopore

« On va prendre un échantillon de riz pour extraire l’ARN qui va être ensuite séquencé grâce à la technologie Oxford Nanopore », a brièvement expliqué Martine Bangratz, ingénieure de recherche, formatrice de l’IRD. C’est une technologie permettant en moins de 48h de déceler l’agent infectieux à l’origine de l’attaque d’un champ quelconque, a-t-elle renchéri.

Pour madame Bangratz, si le séquenceur, le matériel auquel fait appel cette technologie n’est pas difficile à utiliser, cela nécessite tout de même une formation au préalable.

« Il y a une partie travaux pratiques où l’on fait des analyses et du séquençage et il y a toute une analyse de bio-informatique qui se fait par la suite », a mentionné Martine Bangratz

À en croire Pr Martin Kiendrébéogo, représentant le président de l’UJKZ, la technologie du séquençage Oxford Nanopore peut aussi bien être appliquée sur les pathogènes, le SARS-CoV-2 et autres virus émergents en Afrique que sur l’annotation des génomes complets des plantes. Cette technologie s’avère également utile dans la détection du cancer chez l’homme.

« Des difficultés avaient été constatées pour confirmer la présence du COVID-19 au Burkina Faso. La technologie Oxford Nanopore aujourd’hui enseignée aux participants, va donc leur permettre de fournir des résultats de diagnostics de qualité », a-t-il indiqué.

Selon Martin Kiendrébéogo, vice-président de la recherche et de la coopération internationale de l’UJKZ, le diagnostic de certitude exige l’usage des technologies moléculaires

En rappel, La bio-informatique, ou bioinformatique, est un champ de recherche multi-disciplinaire de la biotechnologie où travaillent de concert biologistes, médecins, informaticiens, mathématiciens, physiciens et bio-informaticiens, dans le but de résoudre un problème scientifique posé par la biologie. Plus généralement, la bio-informatique est l’application de la statistique et de l’informatique à la science biologique. Le spécialiste qui travaille à mi-chemin entre ces sciences et l’informatique est appelé bio-informaticien ou bionaute.

Hamed NANEMA
Lefaso.net