Lefaso.net : Pouvez-vous vous présenter à nos lecteurs ?

Alexis Kafando : Je suis Alexis Kafando, titulaire d’un PhD. (Doctorat) en virologie et immunologie que j’ai soutenu à la faculté de médecine de l’université de Montréal au Canada en janvier 2020. Je suis un agent du ministère de la Santé en poste au Centre Muraz de Bobo Dioulasso d’où j’ai obtenu une bourse de mérite (Merit Scholarship for High Tcehnology for 3-year PhD) de la Banque islamique de développement (BID) en 2012.

« Caractérisation moléculaire et phylogénétique de l’enveloppe du VIH-1 transmis/fondateur », tel a été votre thème de recherche, que peut-on retenir de vos recherches ?

Durant ma thèse à l’université de Montréal, mes thématiques de recherche ont porté sur la « caractérisation moléculaire et phylogénétique de l’enveloppe du VIH-1 transmis/fondateur ». Il s’agit en effet des premiers isolats du VIH détectable dès les premiers moments de la maladie et détectable par antigénémie p24, c’est-à-dire avant la séroconversion. Le travail a consisté à séquencer l’enveloppe d’isolats de VIH-1 pour des patients infectés depuis le début de la pandémie et dont les sérums avaient été soigneusement conservés dans une biobanque au Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) depuis les années 1989 à 2015. L’objectif de ma recherche était de pouvoir identifier des signatures génétiques (mutations ou domaines conservés dans le temps) sur l’enveloppe du virus qui pourraient aider ou renseigner la conception d’un vaccin contre le VIH/SIDA. Les résultats de ces travaux ont été publiés dans des revues scientifiques internationales à comité de lecture.

Depuis quelque temps on parle effectivement de mutations et de variants dans le cadre du covid-19, pouvez-vous nous dire en termes simples qu’est-ce qu’une mutation ?

Une mutation est un ou plusieurs changements opérés dans le code génétique ou génome d’un virus comparativement au code génétique de la souche originale qui l’a généré. Quand on prend le virus qui cause le covid-19 qu’on appelle Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), il a une taille de 29903 paires de bases constituées d’une succession d’acides aminés et représentés par des lettres (Ex.ACTG………).

Si à la position 1 de la séquence de la souche originale on retrouve toujours un acide aminé nommé A (Alanine) et sur celle du nouveau virus produit on retrouve un G (Glycine) en lieu et place du A, on parle de substitution ou de mutation. Parfois, au lieu de remplacer un acide aminé à une position donnée par un autre, le nouveau virus peut tout simplement le supprimer et ne rien remplacer, c’est ce qu’on appelle délétion.

Ces modifications opérées sur le code génétique du virus peuvent changer le comportement de ce virus. Dans le cadre du covid-19, la souche originale est le virus identifié chez le premier patient infecté à Wuhan en Chine et dont le code génétique avait été caractérisé. On compare toujours les nouveaux virus produits par la suite à la séquence ou code génétique de ce virus. On peut retenir qu’une mutation est tout simplement un changement ou une modification opérée à un niveau donné du code génétique d’un virus.

Qu’est-ce qu’un variant ?

Un variant est un nouveau virus produit par une souche originale, mais qui possède des caractéristiques totalement différentes. Il est le résultat d’une ou de plusieurs modifications ou de changement opérés à un ou plusieurs niveaux de son code génétique et donnant naissance à un nouveau virus qui est totalement différent sur le plan structurel et comportemental qu’on appelle propriétés fonctionnelles. On dira simplement qu’un variant, est un nouveau virus qui provient d’une souche originale (mère), mais qui a un comportement différent à la suite d’une mutation ou de l’accumulation de plusieurs mutations ou changements sur son code génétique.

Exemple : Un virus/souche originale peut être moins contagieux au départ et par suite de modifications sur son code génétique, il devient plus contagieux, plus virulent et plus résistant, etc. On dira qu’un enfant ressemble à ses parents du point de vue de son physique ou de son comportement. Et si on venait à avoir un enfant qui ne ressemble ni physiquement ni en comportement à ses parents, on dira qu’il est totalement différent de ses parents. Je ne dirai pas que c’est un variant, mais c’est pour imager la question.

Combien de variants du virus de covid-19 circulent de nos jours dans le monde ?

Plusieurs variants de SARS-CoV-2 ont été décrits. Mais tous ne font pas l’objet de surveillance. A la date d’aujourd’hui, 7 variants font objet de surveillance, car ils ont un intérêt avéré en santé publique parce qu’ils peuvent être ou sont plus contagieux, transmissibles, virulents, échappent aux vaccins, résistent aux traitements et peuvent affecter la performance des tests diagnostiques de la maladie, etc.

Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), il y a : quatre variants qui sont dits préoccupants. Il s’agit du variant Alpha (B.1.1.7) détecté au Royaume-Uni en septembre 2020 ; du variant Bêta (B.1.351) détecté en Afrique du Sud en mai 2020 ; du variant Gamma (P.1) détecté au Brésil en novembre 2020 ; et du variant Delta (B.1.617.2) détecté en Inde en octobre 2020.

Trois autres variants font l’objet de suivi accru actuellement. Il s’agit des variants Lambda (C.37) détecté au Pérou en décembre 2020 ; Mu (B.1.621) détecté en Colombie en janvier 2021 ; et tout récemment ; Omicron (B.1.1.529) détecté dans un échantillon prélevé le 9 novembre 2021 en Afrique du Sud. Ce dernier requiert toutes les attentions actuellement, car il serait à l’origine de nouveaux foyers d’infection de covid-19 à travers le monde. D’autres variants plus anciens sont aussi sous surveillance.

Quelle est la situation de ces variants au Burkina Faso ?

Je n’ai pas connaissance de publications officielles sur les variants d’intérêts recensés au Burkina Faso en ce moment. Des autorités plus compétentes devraient pouvoir communiquer sur le sujet.

Qu’est-ce qui provoque les mutations et l’apparition des variants de covid-19 ?

Plusieurs facteurs non exhaustifs peuvent être à l’origine de la sélection des mutations et de l’émergence des variants. Il s’agit des erreurs effectuées par le virus lui-même en se reproduisant qu’on appelle erreur lors de la transcription virale ; des pressions du système immunitaire ou systèmes de défense des personnes infectées qui obligent le virus à se changer pour pouvoir produire de nouveaux virus (changer pour survivre) ; des prédispositions individuelles ou collectives c’est-à-dire que le passage du virus d’un individu à l’autre peut conduire à la sélection de mutants ou de variants et les écosystèmes locaux c’est-à-dire que l’environnement (chaud, froid) dans lequel le virus circule peut conduire à la sélection des mutants ou de variants.

Quelles peuvent être les conséquences des mutations et des variants sur l’évolution du covid-19 ?

Les virus mutants ou variants peuvent être plus contagieux, plus résistants, plus virulents ou plus transmissibles que la souche originale. Les mutations et les variants peuvent échapper aux vaccins ou affecter leurs développements. Ils peuvent également résister aux traitements ou affecter leurs développements. Les mutations et les variants peuvent aussi affecter la performance des tests de laboratoire ou leurs développements.

Quel est l’intérêt d’étudier le génome du Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) et de suivre son évolution ?

C’est la caractérisation rapide du génome du SARS-CoV-2 (description de son code génétique) qui a permis la mise au point des premiers tests diagnostiques de la maladie, de développer des vaccins et de mettre au point certains traitements contre le covid-19. L’étude du génome nous permet aussi de mener des recherches sur les origines du virus et son mode opératoire. L’étude du génome du virus et le suivi de son évolution nous permettent aussi de prendre des mesures anticipatoires pour juger de l’efficience des vaccins que nous commandons pour nos populations dans un milieu où des mutants ou des variants circulent. Cela permet aussi de réadapter les vaccins et les traitements aux besoins. Comme à la guerre, étudier le génome du SARS-COV-2, nous permet de prendre de l’avance sur l’ennemi pour pouvoir mieux le combattre.

En début décembre 2021, vous avez lancé dans ce cadre un projet de recherche de quoi s’agit-il exactement ?

Effectivement, nous avons lancé un projet de recherche le 2 décembre 2021 au CHR de Ziniaré. Le projet a pour titre : « Caractérisation moléculaire et phylogénétique du génome du Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 : diversité génétique, profil des mutations associées au tableau clinique et réseau de transmission de la COVID-19 au Burkina Faso » avec pour acronyme : GENOMIC-SARS-CoV-2-BF. Ce projet a été initié en mai 2020 dès le début de la pandémie du covid-19 avant même l’émergence des variants dont on en parle tant actuellement. Il est une initiative des chercheurs de l’Institut de recherche en science de la santé (IRSS), du Centre Muraz, de l’Institut national de santé publique (INSP), du Centre de recherche biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA), des Centres hospitaliers universitaires et des universités du Burkina Faso. Nous avons également des partenaires internationaux qui nous appuient dans la mise en œuvre de ce projet.

L’étude consiste à suivre l’évolution du virus responsable du covid-19 au Burkina afin d’identifier les mutations et les variants qui circulent depuis le début de la pandémie dans notre pays et qui pourraient influencer le cours de la maladie ou de l’épidémie. Le but est de pouvoir informer les autorités sanitaires en temps réel afin qu’elles prennent des mesures anticipatoires pour adapter nos stratégies de lutte, de prévention et de prise en charge des malades. Le projet est financé par la Fondation nationale pour la recherche ou National Research Foundation (NRF) d’Afrique du Sud et plusieurs autres partenaires réunis autour d’un consortium pour un appel compétitif dénommé : Fonds de recherche et d’interventions rapides du covid-19 en Afrique lancé le 18 mai 2020. Notre projet a été accepté parmi 77 projets répartis dans 17 pays sur un total de 368 projets soumis au fonds. L’objectif du projet est de caractériser la séquence génomique du SARS-CoV-2 provenant d’isolats de patients atteints de covid-19 au Burkina Faso. Cette caractérisation consistera à séquencer le génome du SARS-CoV-2 et par des analyses bio-informatiques d’identifier les mutations et les variants d’intérêts circulants pour informer la santé publique de notre pays.

Qui sont les chercheurs qui travaillent sur ce projet ?

Le professeur Serge Diabouga, directeur de recherche à l’IRSS/CNRST et par ailleurs DG de la recherche scientifique et de l’innovation est l’investigateur principal du projet. Le Professeur Jacques Simporé, titulaire de génétique et de bioéthique à l’université Pr Joseph Ki-Zerbo et au CERBA est co-investigateur principal. Moi-même, Dr Alexis Kafando, suis le porteur et chercheur principal du projet. Plusieurs autres chercheurs sont co-investigateurs du projet. Ce sont : Professeur Zékiba Tarnagda, directeur de recherche à l’IRSS/CNRST ; Professeur Hervé M. Hien, Maitre de recherche à l’IRSS/CNRST et DG de l’Institut national de santé publique (INSP), Dr Thérèse S. Kagoné, chercheuse et directrice technique du Centre Muraz, M. Arthur D. Djibougou, PhD.c et plusieurs autres chercheurs du Burkina Faso, du Canada, et de la Belgique pour ne citer que ceux-là.

En dehors de ce projet, notre équipe conduit une autre étude qui est financée par le Fonds national de la recherche et l’innovation pour le développement (FONRID). Ce dernier vise à mieux comprendre et à identifier les facteurs immunologiques, biologiques et cliniques qui sont impliqués dans les manifestations cliniques sévères du covid-19 chez certains patients. Les résultats de cette étude devraient permettre d’identifier les facteurs ou les paramètres clés qui sont associés à la sévérité de la maladie et s’ils sont connus permettront de mieux adapter les stratégies de prise en charge clinique des malades admis dans nos structures de santé. Le projet a pour titre : « Amélioration de la prise en charge clinique et réduction de la mortalité due au covid-19 : étude des déterminants immunobiologiques et cliniques associés à la progression et à la sévérité du covid-19 au Burkina Faso ».

Est-ce que le Burkina Faso a les capacités techniques et les ressources humaines qu’il faut pour surveiller l’émergence de ces nouveaux variants de covid-19 ?

Le Burkina Faso a mis en place depuis le début de la pandémie de covid-19 des services cliniques qui assurent la prise en charge clinique des patients. Des laboratoires sont également dédiés pour le diagnostic par PCR du SARS-CoV-2. Le séquençage des isolats de SARS-CoV-2 qui permet de détecter les mutations et les variants est réalisable au Centre Muraz de Bobo Dioulasso, au CERBA, au CHUSS et à l’IRSS-Nanoro et dans les universités. Ces structures disposent d’appareils appropriés qu’on appelle séquenceurs et le personnel pour réaliser les tests de laboratoire et les analyses bio-informatiques qu’il faut.

Avez-vous un mot de fin ?

Pour les lecteurs et la population, je veux les encourager à se refaire vacciner, à toujours respecter les mesures barrières. Je les invite aussi à ne pas toujours croire aux fausses nouvelles qui circulent concernant l’efficacité des vaccins. Un vaccin n’est pas une barrière physique ou mécanique qui peut empêcher un individu d’entrer en contact avec le virus. C’est une barrière immunologique qui prépare notre organisme à reconnaître un pseudotype ou prototype du virus et une fois qu’il rencontrera le vrai virus, il est déjà bien préparé pour le reconnaître et pourra mieux le combattre efficacement. Cette préparation préalable de notre organisme par la vaccination permettra de limiter les conséquences néfastes (manifestations sévères) de la maladie. Quand on connaît notre ennemi, on se prépare pour l’attendre.

Je dirai que se faire vacciner contre le covid-19, c’est comme un chauffeur qui prend bien soin de mettre sa ceinture de sécurité lorsqu’il conduit son véhicule ou un motocycliste qui porte son casque avant de prendre la route. Malgré les dispositions prises, ces personnes ne sont pas à l’abri d’accidents, mais une fois qu’ils surviennent, elles sont protégées contre les conséquences graves que pourrait causer l’incident.

Pour les autorités de notre pays, je leur demande de croire à leurs chercheurs, de nous donner les moyens et toutes les facilités nécessaires pour la conduite de nos travaux de recherche. Des efforts ont été faits dans le cadre du covid-19, mais nous demandons et espérons que cela se poursuivra.

A l’adresse du ministère de la Santé, je demanderai de valoriser ses chercheurs, car il a des centres de recherche, mais pas des chercheurs de carrière. On constate que la plupart des chercheurs malgré leurs qualifications sont obligés, soit de démissionner ; soit de prendre des disponibilités pour aller ailleurs et pour certains d’attendre qu’un poste s’ouvre au ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche scientifique et de l’innovation pour s’y rattacher. Pourtant, les chercheurs de ce département mènent des recherches de qualité, mobilisent des fonds, créent des emplois dans leurs projets et génèrent des résultats probants pour améliorer la prise en charge de nos malades, mais ils n’ont pas de statuts officiels.

Les nombreux projets qui se développent actuellement dans notre pays surtout en santé sont le fruit des collaborations entre les chercheurs, enseignants-chercheurs du ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche scientifique et de l’innovation (ceux-là qui ont un statut) et leurs collègues du ministère de la Santé (ceux-là, qui n’en n’ont pas). Il est grand temps que les deux ministères mutualisent concernant la carrière des chercheurs pour favoriser un développement harmonieux de la recherche en santé dans notre pays.

Propos recueillis par Jacques Théodore Balima
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