Ces chauves-souris « potentiellement » tueuses…

D’emblée, Mathieu Bourgarel, chercheur au Cirad dresse le tableau : « Les chauves-souris sont en nombre d’espèces la deuxième famille de mammifères après les rongeurs. On en répertorie en effet plus de 1000 espèces. Seuls mammifères volants, elles peuvent se déplacer rapidement et sur de longues distances. »

On les retrouve un peu partout dans le monde et particulièrement en Afrique et en Asie du Sud-Est où plusieurs espèces frugivores ou insectivores se regroupent dans les grottes et espaces boisés. On sait à leur bénéfice que les chauves-souris sont d’efficaces pollinisateurs dans la nature et qu’elles peuvent dévorer environ 25 pour cent de leur poids en insectes. Mais ce sont aussi de redoutables acteurs dans la transmission des agents pathogènes.

Une réaction épidémique en chaîne

« Tous les mécanismes de contamination ne sont pas encore connus » précise Mathieu Bourgarel. On sait toutefois que les chauves-souris souillent les végétaux par leurs fluides corporels (urine, déjections, placenta lors de la mise bas). Les fruits infectés sont ensuite mangés par les populations humaines et animales. On raconte aussi que tout un village du Gabon a été contaminé par Ebola à cause d’un chimpanzé trouvé mort en forêt et ramené par des chasseurs. De petites antilopes de forêt ont aussi été observées en train de manger des cadavres d’animaux malades, devenant ainsi des vecteurs potentiels de diverses pathologies.

Les recherches en cours

« Nous menons de véritables enquêtes policières pour mieux comprendre comment circule un agent pathogène ». Après l’apparition d’une épidémie, il est important de trouver la première personne contaminée et comprendre comment elle a été infectée. Il faut aussi rechercher l’agent infectieux chez toutes les espèces animales potentiellement en contact avec les populations humaines. C’est un travail ardu et difficile car le plus souvent on ne décèle chez la chauve-souris que des fragments de virus ».

Les recherches s’orientent vers la détermination des facteurs d’émergence d’une maladie, la circulation des virus et les risques sanitaires encourus. Pour Ebola, il existe un phénomène cyclique dans l’apparition des épidémies chez l’homme : tous les 5 à 6 ans environ. Ce phénomène pourrait être lié à des cycles particuliers de fructifications des arbres entrainant des regroupements massifs de chauves-souris. Mais de nombreux facteurs peuvent influer sur les rôles de réservoir et de vecteur des chauves-souris. Les chercheurs ont récemment mis en évidence que le nombre d’espèces de virus dépend du poids, de la taille et de la forme de l’aire de distribution de l’espèce de chauves-souris.

Ce travail est réalisé en partenariat avec le Cirmf (Centre International de Recherche Médicale de Franceville – Gabon) et l’IRD. Une fois capturées, les chauves-souris sont prélevées. Tous les échantillons collectés avec d’extrêmes précautions sont ensuite envoyés pour analyse dans des laboratoires spécialisés de haute sécurité en Afrique comme le Cirmf au Gabon mais aussi en Europe à l’Institut de virologie de Bonn (Allemagne).

C’est aussi l’occasion pour le Cirad de développer échanges et partenariats scientifiques entre l’Afrique australe et centrale et l’Asie du Sud-Est, en particulier au travers des dispositifs en partenariat GREASE et RP-PCP.

D’Afrique en Asie

La Guinée, le Liberia et la Sierra Leone en Afrique de l’Ouest sont sévèrement touchés depuis mars dernier par la fièvre hémorragique Ebola, mortelle à 90% chez les humains.

De 2006 à 2012, le Cirad a développé, en partenariat avec le Cirmf et l’IRD, un projet de recherche dans les Monts Belinga au Gabon pour comprendre le rôle des Chauves-souris cavernicoles dans la circulation de virus dans les forêts d’Afrique centrale. Ce projet a permis de mettre en évidence chez une espèce de roussette le virus Marburg (filovirus comme Ebola) et mortel à 50%. Des paramyxovirus responsables d’affections respiratoires ont également été découverts, et -plus anecdotique- la présence d’une espèce de chauve-souris encore jamais décrite au Gabon : la « Coleura Afra ».

Depuis quelques mois, les scientifiques procèdent à d’importantes opérations de capture de chauves-souris dans les pays d’Asie pour analyser la richesse virale de ces animaux qui représentent plus de 50% des espèces de mammifères des forêts tropicales.

En Malaisie, le virus Nipah a émergé en 1998 dans des élevages de porcs via la contamination de fruits par des chauves-souris, conduisant à l’abattage de la moitié des porcs du pays. On dénombrait 250 cas humains dont une centaine de décès.

Au Bangladesh, depuis 2001, on a détecté plusieurs centaines d’humains infectés par le virus Nipah (syndrome respiratoire aigu, encéphalite mortelle). La contamination se ferait à la collecte du jus de palme souillé par les chauves-souris frugivores.

Julien Cappelle, chercheur au Cirad, effectue actuellement au Cambodge une mission d’étude des chauves-souris dites « Pteropus » (plus d’un mètre d’envergure). Il a mis en place des prélèvements ciblés d’urine à la naissance des petits, et a pu constater à ce moment, un pic de recrudescence du virus et des risques forts de transmission virale. Ce suivi épidémiologique se fait en étroite collaboration : santé animale pour le Cirad, santé humaine avec l’Institut Pasteur et écologie animale pour l’ Université royale de Phnom Penh (avec les étudiants du master Biodiversité et Conservation). C’est le concept One Health/une seule santé.

« Un anthropologue français est en train de réaliser au Cambodge, une étude sur les pratiques agricoles et la perception des maladies zoonotiques sur place. Les traditions locales jouent un grand rôle dans la localisation des chauves-souris et la propagation des maladies », explique Julien Cappelle, « on remarque que les chauves-souris au Cambodge sont dans les arbres qui entourent les pagodes où elles peuvent tranquillement évoluer et se reproduire. Les risques sanitaires sont alors importants. En Malaisie, le Nipah s’est répandu dans les nombreux élevages de porcs, proches d’arbres fruitiers prisés des chauves-souris. »

Le Cirad est actuellement sollicité pour développer des travaux sur le virus MERS-CoV affectant l’homme (son système respiratoire) et trouvé chez le dromadaire. Les chauves-souris ainsi que les rongeurs pourraient être les réservoirs primaires de ce virus.

En savoir plus

L’Unité de recherche Agirs (Animal et gestion intégrée des risques)
 : http://ur-agirs.cirad.fr/