Véhicules en situation irrégulière : les propriétaires invités à procéder au dédouanement

Et pourtant la phrase est correcte.

En français facile, le communique stipule que passé le délai, non seulement les intéressés paieront les droits et taxes imposés, mais ils s’acquitteront d’une pénalité.

Donc le nonobstant veut dire ici que malgré les droits et taxes imposés, vous paierez une pénalité de retard.