Ainsi, à l’issue du deuxième tour, les douze équipes classées à la première place seront automatiquement qualifiées pour le troisième tour.

Pour les huit équipes classées à la deuxième place, le système suivant sera adopté pour départager équitablement les équipes classées deuxième dans les groupes de quatre ou de trois :"

Pour les équipes des groupes de quatre, un nouveau classement sera effectué pour les équipes classées deuxième et on tiendra compte uniquement de leurs résultats avec les équipes classées première et troisième de leurs groupes respectifs (total 4 matches). Les résultats des matches avec l’équipe classée quatrième ne seront pas pris en considération.

Pour les équipes classées deuxième dans les groupes de trois, on tiendra compte de la totalité de leurs matches (4 matches).

Une fois que le classement des équipes ayant terminé deuxième de leurs groupes est effectué, on pourra déterminer les huit équipes qualifiées pour compléter la liste des 20 équipes du troisième tour.

On tiendra compte du plus grand nombre de points, de la différence de buts puis du plus grand nombre de buts marqués.

Si les équipes classées huitième et neuvième sont à égalité parfaite, un match d’appui aura lieu en novembre.

vingt pays qualifiés pour le troisième tour seront départagés par un tirage dans cinq groupes de quatre équipes et les trois classées première dans chaque groupe seront qualifiées pour le tournoi final de la CAN 2010 en plus du pays organisateur (ANGOLA).

Il va sans dire que pour le groupe de l’Angola, en cas de qualification pour le troisième tour, les trois autres équipes qui se retrouveront dans son groupe seront qualifiées directement pour la CAN 2010. Il y aura uniquement un classement pour déterminer l’équipe qui sera qualifiée pour la Coupe du Monde.

Pour le groupe de l’Afrique du Sud, en cas de qualification pour le troisième tour, il y aura deux classements. Un classement pour les trois autres équipes du groupe entre elles qui déterminera l’équipe qui sera qualifiée pour la Coupe du Monde (ce classement ne tiendra pas compte des résultats de ces équipes avec l’Afrique du Sud). Un deuxième classement avec les quatre équipes qui tiendra compte de tous les résultats du groupe afin de déterminer les trois équipes qui se qualifieront pour la CAN 2010. L’Afrique du Sud devant terminer dans les trois premiers pour se qualifier en Coupe des Nations. Si elle termine quatrième, elle n’ira pas en Angola.